Algorismes de cerca

• Introduccio biologica.
• Sessió 1: Força bruta, Horspool i BNDM (ppt)
• Sessió 2: BOM (ppt, pdf).
  Aplicacio BOM
  
• Sessió 3: Set Horspool, Wu-Manber i SBOM (ppt,pdf).
• Sessió 4: Extensions de patrons (ppt).
• Sessió 5: Expressions regulars (ppt,).
• Sessió 6: Suffix trees i Suffix arrays (ppt,pdf).
Aplicacio MGCAT Chlamydia-muridarum.fna Chlamydia-trachomatis.fna
• Sessió 7: Cerca aproximada i distància d'edició (ppt,pdf).
  Aplicació algorismes de bioinformàtica
  
• Sessió 8: Algorisme d'aliniament de seqüències (ppt, pdf).
• Sessio 9: Algorisme d'aliniament de seqüències II (ppt).
  Some sequences: Random,Transposons.
  
• Sessió 10: Seqüenciació i engalçament de seqüències (ppt,Sessió 11: Hidden Markov Models (ppt).
  
  
• Examen parcial quadrimestre hivern 11-12
• Examen parcial quadrimestre primavera 09-10
• Examen parcial quadrimestre hivern 09-10
• Examen parcial quadrimestre primavera 08-09
• Examen parcial quadrimestre hivern 08-09
• Examen parcial quadrimestre hivern 07-08
• Examen final (2a. part) quadrimestre hivern 07-08
• Examen parcial quadrimestre primavera 06-07
• Examen parcial quadrimestre hivern 06-07
• Examen parcial quadrimestre primavera 05-06
• Examen final quadrimestre primavera 05-06
• Examen parcial quadrimestre hivern 05-06
• Examen final quadrimestre hivern 05-06
• Examen parcial quadrimestre hivern 04-05
• Ex 1
• Ex 2

Sessions de laboratori

Bases de dades

1. Virus: equineherpesvirus: 152168bps
2. Bacteri: Chlamydophila-pneumoniae: 1.247492bps
3. Escherichia_coli_K12: 4.705564bps
4. Drosophila, cromosoma 1:22.027427bps

Sessió 1: Algorismes de cerca d'un mot

1. 1a sessió de laboratori.
2. Algorisme Força bruta
3. Algorisme de Horspool
[

Sessió 2: Comparació de sequencies

1. 2a sessió de laboratori.
2. Seqs.fa
3. Genomes

Sessió 3: Hidden markov models

1. 3a sessió de laboratori.
2. Paquet de programes
Go to Personal Home Page | Go to LSI-IT Home Page | Go to LSI Home Page | ]
messeguer@lsi.upc.es

Ultima actualització 10 de setembre de 1997