Session 5 RI

Bioinformatics Tools and Resources

In this session we introduce some bioinformatics tools
and resources for sequence analysis.

The file seqs.fa contains a list of numbered sequences of bacterial
genomes. Each student has to study the sequence numbered according to
the length of the alphabet used in the first session.

COMPARISON OF SMALL SEQUENCES

- Connect to 

http://alggen.lsi.ucp.edu --> Downloaded Tools -> DOTLET

- Examine the structure of sequences SEQDOTLET1,...,SEQDOTLET3. Do you
  see any notable feature that make them not random? How similar they
  are?

COMPARISON OF LARGE SEQUENCES

Download MGCAT from alggen.lsi.upc.edu/research/align and some genomes
from my web page. Execute MGCAT.

Hints for Windows: once the file had been uncompressed, register the
complete path of the subdir ./tcl/tcl8.4/ in the system variable
TCL_LIBRARY


BLAST

Allows fuzzy searches over all of the genome database.

  * Connect to NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) .

  * Sequence Identification / BLAST

 In this case, we know that our sequences are from bacterial genomes,
then we use a version adapted to search in microbial genomes. Observe
that from the web page the entire genome can be downloaded.

Homework:

In the second lab session I gave you a number for the size of the
alphabet.Take the corresponding sequence into de file Seqs.fa of my RI
web page and:

i) Examine the sequence with DOTLET. See
  something remarkable?

ii) Blast de sequence and search for the genome to which it belongs.

iii) Download the corresponding genome and some others close to it and
compare all them with MGCAT.

The report should contains a screen captures of the programs running
with your sequence.



--------------------------------------------------------------
(Feu cas de la versio en angles)


Sessio 5 de RI

Eines i Recursos Bioinformatics

En aquesta sessio veurem i provarem algunes eines bioinformatiques
per a l'analisis de sequencies aixi com les bases de dades de
referencia per a informacio genomica.

Al fitxer seqs.fa hi trobareu un llistat de sequencies numerades que
corresponen a genomes bacterians. A cada ESTUDIANT li correspon la
sequencia numerada segons la longitud de l'alfabet usat en la quarta
sessio.

COMPARACIO DE SEQUENCIES CURTES

- Conecteu a http://alggen.lsi.ucp.edu i accediu a Downloaded Tools ->
  DOTLET
	
- Examineu l'estructura de les sequencies SEQDOTLET1 i
  SEQDOTLET2. Creieu que tenen alguna caracteristica destacable que
  les faci no aleatories? Quina us sembla que pot ser?

  Feina per casa: 

  - quina relacio hi ha entre SEQDOTLET1 i SEQDOTLET2 amb
   SEQDOTLET3 i SEQDOTLET4.
   - * Estudieu l'estructura basica de la sequencia que us toca de la
   llista.


COMPARACIO DE SEQUENCIES LLARGUES

Baixeu-vos MGCAT, els dos genomes i executeu-lo.

BLAST

Permet fer cerques aproximades sobre tots els genomes de la base de dades.

  * Conecteu a NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) i exploreu algunes
    de les opcions que us ofereix.

  * Identificacio de sequencies/BLAST 

 En aquest cas, com que sabem que les
nostres sequencies provenen de genomes bacterians, utilitzarem una
versio adaptada a la cerca en genomes microbians.

- Aneu a l'apartat de "Sequence analysis", accediu a BLAST i
  seleccioneu "Microbes".

- Enganxeu la sequencia a la caixa corresponent, seleccioneu els
organismes sobre els que voleu cercar (per exemple tots), i cliqueu a
BLAST.

- A la pagina de resultats us apareixeran un o mes organismes en els
que s'han trobat sequencies semblants a la vostra i la informacio
de l'alineament corresponent.

- Per a aquesta practica, assumirem que el primer organisme de la
llista es efectivament el que busquem i sera  amb el que treballareu.

- Observeu la sortida del BLAST anterior. La vostra sequencia forma
  part d'alguna "Feature" del bacteri? Examineu la seva sequencia
  (nomes de la feature, NO el genoma complet!) amb DOTLET. Veieu
  alguna cosa destacable?

- Baixeu la sequencia genomica de del vostre bacteri aixi com de 3
bacteris mes (si podeu, almenys un de molt proper). Per a saber de
quins bacteris hi ha sequencies genomiques completes podeu mirar a
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/ i accedir a "bacteria".

- Compareu els genomes amb MGCAT. Que en podeu dir?

Que cal entregar?

  * Cal entregar un petit informe que contingui:

	- El resultat de BLAST i el nom del vostre bacteri

	- Les imatges de les execucions de dotlet (almenys imatges
          parcials) amb les conclusions que en pogueu treure

	- Les captures de pantalla de les execucions de MGCAT amb
          les conclusions que en pogueu treure.